Durant un combat entre Mata Nui et Teridax, les fragments de Spherus Magna sont rassemblés, reformant la planète et tuant Teridax se faisant. Ensuite, Mata Nui utilisa le Kanohi Ignika avec les dernières réserves d'énergie du Robot Prototype, qu'il habitait, pour remplir la planète de Vie. Ensuite, le robot s'effondra sur la planète et disparut dans un nuage de poussière.
Leur univers détruit, les habitants du Robot Grand Esprit sortirent sur la nouvelle planète. Mata Nui se releva et leur parla à eux et aux habitants de Bara Magna, par l'Ignika, leur demandant de reconstruire Spherus Magna et trouver les Grands Êtres pour leur dire son succès. Ensuite, il se retira dans le masque, qui tomba dans les mains de la Glatorian Kiina. Elle le tendit à Tahu, qui regarda son reflets. Ensuite, il parla à tous ceux qui étaient assemblés et les mena pour commencer leurs nouvelles vies sur Spherus Magna.
L'Agori Sahmad sentit les impacts des planètes dans le désert de Bara Magna, qui se mit ensuite à fleurir. Pendant que son compagnon Telluris célébrait la reformation de Spherus Magna, Sahmad se rendit compte que ceux à l'origine de la Maladie du Rêve était maintenant à sa portée sur Bota Magna. Il partit avec Telluris et la vipère Metus, qui avait été touchée par la maladie, pour trouver la source de l'épidémie.
Toujours à l'intérieur du Robot Grand Esprit, dans la cité de Metru Nui en ruines, l'Onu-Matoran Taipu se retrouva piégé sous les décombres de la cité. Il fut par la suite sauvé par ses amis Tamaru et Macku et vit que Kopeke aidait les autres qui étaient piégés comme lui. Ensuite, il partit aider les autres, libérant les Matoran pour qu'ils puissent partir à l'extérieur.
Plus tard, Kopaka se reposait sur un rocher surplombant le champ de bataille de Bara Magna et contemplait les événements récents, ainsi que ce que le futur réservait. Il pensait à son frère Toa disparu, Lewa, lorsqu'il remarqua une petite armée de Skakdi, une étrange créature à la peau dorée, et les Toa Mahri sortant d'une section du Robot Grand Esprit qui venait de disparaître, apparemment sur ordre de la créature. Après avoir marché pendant un moment, la créature regarda un affleurement de falaises et un grand chateau de pierre apparut soudainement parmi elles.
Dans la zone de Bota Magna sur Spherus Magna, Lewa quitta la forteresse dans laquelle Toa Helryx, Vezon, Toa Tuyet, Miserix, Brutaka, et d'autres débattaient de s'ils devaient libérer le Grand Être maudit et peut-être fou qui y était emprisonné. Il découvrit une vaste et magnifique jungle, qu'il explora en utilisant ses pouvoirs pour la survoler. Ce faisant, il remarqua des reptiles géants améliorés cybernétiquement errant dans la jungle. Il en regarda un attraper et avaler un reptile plus petit. En descendant, il remarqua des villageois ressemblant à des Matoran en bas de la jungle, près du reptile mécanique. Il décida de les avertir et atterrit parmi les indigènes, qui l'encerclèrent et lui parlèrent dans un langage qu'il ne pouvait pas comprendre. Lorsque Lewa leur montra d'où il venait, en réponse d'une question gestuelle du chef, les villageois semblent étonnés et pointent leurs lances sur la gorge de Lewa.
Après s'être dirigé au nord vers les montagnes où Metus avait campé auparavant, Sahmad découvrit une marque triangulaire anormale au sol et commencer à en chercher d'autres. Peu après, il se rendit compte que Telluris avait disparu. La source de sa disparition devint évidente lorsqu'un grand tentacule rouge sortit du sol et emporta Metus sous terre. Ensuite, le tentacule ressortit et emporta également Sahmad. Plus tard, Sahmad se réveilla dans ce qui semblait être une illusion. Une fois l'illusion dissipée, des Agori du Fer commencèrent à chanter vers lui.
Onua avait rassemblé trois Toa renégats, Chiara, Orde, et Zaria, qui avaient été choisis par Tahu, Gali, et lui-même pour accomplir la quête de rechercher les Grands Êtres et leur indiquer la réussite de la mission de Mata Nui, comme par sa dernière requête. Orde, un Toa du Psychisme, avait déjà découvert leur mission en lisant l'esprit d'Onua, au grand déplaisir des autres Toa. Onua expliqua, et lorsque Chiara mentionna qu'ils ne connaissaient pas le terrain, le Glatorian Gelu s'avança. Orde révéla qu'il serait leur guide, ajoutant qu'il n'en était pas heureux. Gelu s'avança jusqu'à Orde et tînt son Coupeur de Glace contre la gorge du Toa, mais Chiara, un Toa de la Foudre, tira une boule d'électricité entre eux, les séparant. Gelu se calma et commença à leur en dire plus sur leur mission.
Ailleurs sur Spherus Magna, le Grand Être Angonce lut sur d'anciens équipements que Spherus Magna avait été restaurée, ce qui signifiait la réussite de la mission de Mata Nui ; cependant, il fut troublé par cela. À cause du nombre de Toa sur Spherus Magna, une création nommée Marendar, conçue pour chasser et tuer les Toa, fut activée. Angonce se rua vers la voûte où était gardé le Marendar et découvrit que ses craintes s'étaient réalisées et que le Marendar s'était échappé pour accomplir sa programmation.
Après avoir vu les Toa Mahri, Kopaka retourna à la plage pour chercher Tahu, et croisa Toa Hagah Gaaki. Gaaki, avec les autres Toa de l'Eau, aidait les Rahi aquatiques à quitter l'Univers Matoran pour Spherus Magna. Après avoir appris le problème des Toa Mahri, Gaaki promit de rassembler les Toa Hagah et aider les Toa Mahri.
Plus tard le même jour, Toa Lesovikk, enragé car Karzahni s'était libéré, approcha Kopaka et Pohatu, qui aidaient les équipes de récupération. Ils prévoyèrent une équipe de recherche, mais Lesovikk refusa, et partit pour rechercher Karzahni seul. En pistant Lesovikk le jour suivant, Kopaka et Pohatu trouvèrent le corps mort de Karzahni au fond du Canyon de Fer, avec l'Épée d'Air de Lesovikk. Alors qu'ils commençaient à le suspecter du meurtre, un cyclone se dirigea vers eux. Pohatu commença à partir pour bouger lui et Kopaka hors du chemin du cyclone, mais Kopaka l'arrêta. Le Toa de la Glace créa un mur de glace pour arrêter le cyclone. Pensant que c'était inutile, Pohatu utilisa son Kakama Nuva pour courrir le cyclone dans le sens inverse, le dissipant. Ensuite, Kopaka expliqua que sa méthode visait à trouver l'origine du cyclone. Cependant, il n'avait relevé aucune preuve envers qui que ce soit.
L'être tentaculaire, Annona, révéla rapidement que les Agori du Fer chantant étaient des Sœurs des Skrall qu'elle controllait. Ensuite, Annona commença à apparaître sous la forme d'une grande lumière brillante et elle dit à Sahmad qu'elle était responsable des pouvoirs psychiques des Sœurs ainsi que de la Maladie du Rêve, qu'elle avait utilisé pour se nourrir, et qu'elle existait avant les Grands Êtres. Ensuite, Sahmad remarqua Metus et Telluris derrière elle, lui faisant signe de partir, et après quelques moments d'hésitation, il le fit. Ils suivirent un tunnel à la fin duquel ils pouvaient voir de la lumière et espérait s'échapper vers la source. Cependant, lorsqu'ils arrivèrent, ils découvrirent que c'était Annona.
Plusieurs jours après être partis sur des Arpenteurs des Sables, Gelu et les Toa l'accompagnant arrivèrent dans une zone parfaite pour une embuscade. Orde surveilla s'il y avait des esprits dans les alentours et rapporta qu'il pensait qu'il y avait plusieurs esprits foisonnants, mais qu'ils avaient soudainement disparu. Le groupe continua, avec Chiara et Zaria couvrant les flances en cas d'embuscade. Chiara tira une boule d'électricité dans les arbres, disant avoir vu quelque chose. Ils continuèrent jusqu'à ce qu'il y ait une explosion derrière l'Arpenteur des Sables d'Orde, suivie par plusieurs autres, faisant charger toutes leurs montures tout droit dans un filet, ce qui piégea les voyageurs. Gelu remarqua que leurs attaquants étaient des Vorox et les prit pour des bêtes incapables de mettre au point un tel plan. Ensuite, il se rendit compte qu'ils portaient les anciennes armes sophistiquées qui avaient causé les explosions. Le Vorox en chef s'avança ensuite et, à la surprise de Gelu, lui parla parfaitement en Agori. Il dit à Gelu que lui et les autres Vorox de Bota Magna n'étaient pas devenus sauvages comme leurs frères de Bara Magna, et que son nom était Kabrua. Chiara et Zaria essayèrent de s'échapper, ce qui s'acheva avec la Toa femelle assommée et l'autre Toa perdant une partie de son armure. Ensuite, Orde commença à se disputer avec Kabrua, pendant que Gelu réfléchissait aux moyens de s'en sortir. Kabrua s'adressa aux membres de sa tribu et leur dit que les otages seraient emportés à leur cité et que les Vorox commenceraient la chasse le jour suivant.
Après être retournés au camp avec le corps de Karzahni, Pohatu et Kopaka rencontrèrent Tahu et Gali, qui leur donnèrent quelques idées sur l'endroit où ils pourraient trouver Lesovikk. Le matin suivant, Kopaka et Pohatu partirent au nord, pour trouver le meurtrier et éclaircir les circonstances de la mort de Karzahni, les deux Toa commençant à spéculer que certains Agori semblaient suspicieux quand à leur implication dans le meurtre.
Trois jours après, les Toa arrivèrent dans une zone de forêt luxuriante. Ils commençaient à débattre des circonstances du meurtre de Karzahni lorsque Kopaka vit quelque chose devant eux et mit fin à la discussion. Alors que Kopaka se préparait pour une attaque, un terrible cri, accompagné de nombreuses images transmises télépathiquement, explosa dans leurs esprits, les faisant tomber de leurs montures. Quand cela s'arrêta, ils se remirent sur pieds et coururent dans les bois où ils trouvèrent des morceaux de matière gélatineuse rouge couvrant le sol sur des centaines de mètres. Kopaka confirma qu'il s'agissait de Tren Krom. Ensuite, il se souvint de l'image d'une Étoile Rouge qui était restée dans son esprit durant l'assaut mental.
Alors qu'ils observaient les restes de Tren Krom, Pohatu décida que Lesovikk n'avait aucune raison de tuer Tren Krom et l'aurait tué de manière plus propre, et élimina le Toa de la liste des suspects. Ensuite, ils attrapèrent Gaardus chassant dans les restes de Tren Krom, et le questionnèrent. Gaardus leur dit qu'il était anciennement un Matoran qui fut utilisé par les Fantômes de Nynrah pour créer une arme vivante, mais qu'il s'était échappé. Il avait vu Tren Krom apparaître et se déplacer lentement, et faillit voir le tueur de Tren Krom, mais fut envoyé au loin. Après avoir appris que Gaardus avait également pensé à l'Étoile Rouge et qu'il pouvait les y emmener, Kopaka et Pohatu décidèrent d'être envoyés vers l'Étoile Rouge. Gaardus accepta, et les téléporta dans l'Étoile Rouge. Ils rencontrèrent trois Kestora, dont un qui reconnut Gaardus, leur faisant sortir les armes.
La lumière commença à s'identifier autour d'Annona. Les cris de triomphe d'Annona résonnaient dans la tête de Sahmad alors qu'il était libre, car Annona croyait qu'il n'y avait plus de Grands Êtres sur la planète. Sahmad se résolut à détruire Annona avant qu'elle n'anéantisse plus de gens, et Metus révéla que ce n'était pas Annona qui avait annulé sa malédiction. Alors qu'Annona commençait à se déplacer, Sahmad convainquit Telluris et Metus de sauter sur Annona avec eux alors qu'elle se téléportait vers son prochain repas. Ils arrivèrent sur Aqua Magna, près de la forteresse créée par la Fusion Skakdi. Tous trois grimpèrent jusqu'à la forteresse et virent Annona distraire les Skakdi avec des illusions. La Fusion Skakdi arrêta Annona, et expliqua qu'alors qu'Annona se nourrissait des rêves, la Fusion Skakdi rendait les rêves réels. Annona se moqua des menaces de l'être, jusqu'à ce qu'il lance une attaque puissante et douloureuse sur Annona, l'empalant sur des pics en roche.
Les Vorox de Kabrua libérèrent les Toa et Gelu dans les forêts et commencèrent à les pourchasser pour le sport. Les Toa tendirent une embuscade, mais Kabrua révéla qu'il pouvait éteindre les Pouvoirs Élémentaires des Toa. Quelques Vorox restèrent près de Zaria et Chiara pour garder leurs pouvoirs éteints, pendant que Kabrua et le reste des Vorox poursuivaient Orde et Gelu. Ces deux-là se mirent d'accord pour qu'Orde recherche dans l'esprit de Kabrua s'il avait été en contact avec un Grand Être. Poussant Kabrua à penser qu'ils s'étaient enfuis en nageant, Orde réussit à apercevoir le secret de Kabrua et le révéla à Gelu : un des habitants de l'Univers Matoran était secrètement un Grand Être, avec de sombres plans concernant Spherus Magna.
Le meurtrier de Karzahni et Tren Krom était à Bota Magna pour planifier son meurtre suivant, celui du groupe débattant de s'il devait libérer le Grand Être maudit par l'Ignika ou non. Les Kestora dans l'Étoile Rouge impliquèrent Gaardus dans un crime qu'il avait commis lors de son précédent passage sur l'Étoile. Alors que les Kestora essayaient de tirer sur le trio, ils furent désarmés par Pohatu. Recommençant à débattre, les Kestora révélèrent qu'ils appelleraient cet endroit un centre de transport, et qu'avec Mata Nui en ruines, le trio ne pourrait pas partir. Kopaka gela les trois Kestora, et Pohatu remarqua que Gaardus avait disparu. Les Toa Nuva allèrent dans un laboratoire, lorsque les lumières autour d'eux commencèrent à s'éteindre. Lorsque Kopaka essaya de voir avec son Kanohi, il vit des choses qui l'horrifièrent. Ensuite, un Onu-Matoran apparut pour aider les Toa Nuva, se présentant comme Mavrah.
Annona, pour contre-attaquer la fusion, consuma tous les rêves des guerriers Skakdi. Les rêves des Skakdi fous devinrent réalité par les pouvoirs de la fusion, faisant trembler le sol, fondre la forteresse, et créant des créatures informes. Annona se libéra, et tua Telluris lorsqu'il essaya de l'attaquer. Metus et Sahmad brisèrent un pic de roche au sol, et Sahmad empala Annona avec pendant que Metus s'enfuyait. La fusion ordonna à Sahmad de rêver un monde sans rêves, et fit de ce rêve une réalité, détruisant la source de nourriture d'Annona. Annona conclut un marché avec la fusion : elle serait envoyée vers un endroit avec des êtres desquels festoyer, laissant Spherus Magna en paix. Sahmad rêva cela pour Annona, mais ajouta que ces êtres étaient des membres de son espèce, ce qui les pousseraient à s'entre-dévorer. La fusion envoya Annona dans ce piège mortel, et Sahmad rêva que les rêves revenaient pour la fusion. Ensuite, la fusion informa Sahmad qu'il entendrait parler de lui encore, puis ils se séparèrent, Sahmad partant honorer la mémoire de la Tribu du Fer.
